À la suite de l'incident survenu en 2116 dans l'union de l'Asie du Sud-Est (SEAUn), Shinya Kogami reprend son périple. Dans une petite nation du sud-asiatique, Kogami sauve un bus de réfugiés attaqué par des guérilleros. Parmi les réfugiés se trouve une jeune femme du nom de Tenzin, qui supplie Kogami de lui à se battre pour se venger