Fate: The Winx Saga s'attache au parcours initiatique de cinq fées fréquentant Alfea, pensionnat féerique situé dans l'Autre Monde. C'est là qu'elles doivent apprendre à maîtriser leurs pouvoirs magiques, tout en découvrant l'amour, en surmontant leurs rivalités et en affrontant les monstres qui menacent de les détruire.